COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 3.148297 3.148297 3.622157
2021-06-11 17:00:00 3.461461 3.461461 3.677897
2021-06-10 17:00:00 3.650891 3.650891 3.802018
2021-06-09 17:00:00 3.573460 3.573460 3.875473
2021-06-08 17:00:00 3.139645 3.139645 3.929729
2021-06-07 17:00:00 4.763508 4.763508 4.067359
2021-06-06 17:00:00 4.113552 4.113552 4.188489

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 2.172285 2.801932 3.161241
2021-06-11 17:00:00 2.994652 2.994652 3.225985
2021-06-10 17:00:00 3.470320 3.470320 3.285569
2021-06-09 17:00:00 5.020921 5.020921 3.446610
2021-06-08 17:00:00 2.465483 2.465483 3.474579
2021-06-07 17:00:00 4.318937 1.231061 3.436671
2021-06-06 17:00:00 3.693182 3.693182 3.535152

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 3.768116 8.985507 9.547581
2021-06-11 17:00:00 15.805471 9.422492 9.867128
2021-06-10 17:00:00 9.326425 10.730253 9.439192
2021-06-09 17:00:00 8.933718 8.933718 9.427306
2021-06-08 17:00:00 10.670732 10.670732 9.233521
2021-06-07 17:00:00 1.851852 9.064327 8.832621
2021-06-06 17:00:00 15.422886 9.239940 8.635994

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 3.857281 3.857281 4.299933
2021-06-11 17:00:00 5.747126 5.747126 4.469268
2021-06-10 17:00:00 3.945372 3.945372 4.658183
2021-06-09 17:00:00 4.759916 4.759916 4.765160
2021-06-08 17:00:00 2.476654 2.476654 4.826740
2021-06-07 17:00:00 3.142627 3.142627 4.901499
2021-06-06 17:00:00 7.239819 7.239819 5.062023

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 3.063565 3.063565 3.209482
2021-06-11 17:00:00 3.236825 3.236825 3.310945
2021-06-10 17:00:00 3.219347 3.219347 3.396270
2021-06-09 17:00:00 3.147967 3.147967 3.530227
2021-06-08 17:00:00 3.191760 3.191760 3.672803
2021-06-07 17:00:00 8.416548 2.726433 3.768601
2021-06-06 17:00:00 3.811090 3.811090 3.923303

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 6.885246 6.885246 7.729073
2021-06-11 17:00:00 9.229748 9.229748 7.824731
2021-06-10 17:00:00 8.006626 8.006626 8.124639
2021-06-09 17:00:00 5.176584 7.014998 8.077875
2021-06-08 17:00:00 5.813271 5.813271 8.009741
2021-06-07 17:00:00 17.032967 9.101585 8.285386
2021-06-06 17:00:00 8.717689 8.717689 8.478068

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 2.616279 2.616279 2.405361
2021-06-11 17:00:00 2.035398 2.035398 2.334738
2021-06-10 17:00:00 3.984820 3.984820 2.197945
2021-06-09 17:00:00 1.855976 1.855976 2.148808
2021-06-08 17:00:00 3.722084 3.722084 2.062736
2021-06-07 17:00:00 2.183406 0.827130 1.941691
2021-06-06 17:00:00 1.189387 1.189387 1.908466

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 4.539164 4.539164 3.768700
2021-06-11 17:00:00 4.483948 4.483948 3.621919
2021-06-10 17:00:00 4.864594 4.864594 3.559992
2021-06-09 17:00:00 4.272076 4.272076 3.423950
2021-06-08 17:00:00 1.804492 2.524990 3.270325
2021-06-07 17:00:00 6.256901 6.256901 3.282504
2021-06-06 17:00:00 2.852595 2.852595 3.277322

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 1.528384 1.528384 1.588166
2021-06-11 17:00:00 0.805802 1.692184 1.564327
2021-06-10 17:00:00 1.995723 1.995723 1.593600
2021-06-09 17:00:00 1.228501 1.228501 1.667053
2021-06-08 17:00:00 1.565996 1.565996 1.671523
2021-06-07 17:00:00 0.863132 0.505051 1.767069
2021-06-06 17:00:00 3.076923 3.076923 1.853228

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 1.933869 1.933869 2.333039
2021-06-11 17:00:00 2.093348 2.093348 2.407005
2021-06-10 17:00:00 2.950792 2.950792 2.425263
2021-06-09 17:00:00 2.318048 2.318048 2.523054
2021-06-08 17:00:00 2.449495 2.449495 2.616846
2021-06-07 17:00:00 2.090079 1.153909 2.605263
2021-06-06 17:00:00 3.044953 3.044953 2.686038

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 3.177570 3.177570 3.875807
2021-06-11 17:00:00 3.420843 3.420843 4.042151
2021-06-10 17:00:00 3.365033 3.365033 4.005344
2021-06-09 17:00:00 5.338542 5.338542 4.260619
2021-06-08 17:00:00 2.685110 2.685110 4.314786
2021-06-07 17:00:00 -2.010050 1.627339 4.494187
2021-06-06 17:00:00 2.748259 6.033789 4.633860

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 1.149425 1.149425 0.985877
2021-06-11 17:00:00 0.247525 0.990099 0.956178
2021-06-10 17:00:00 1.188119 0.693069 0.969555
2021-06-09 17:00:00 0.635593 0.635593 0.974983
2021-06-08 17:00:00 1.910828 1.910828 0.994020
2021-06-07 17:00:00 1.382488 1.382488 0.984253
2021-06-06 17:00:00 1.030928 1.030928 1.010167

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 2.780049 6.055209 5.052005
2021-06-11 17:00:00 2.202643 2.202643 4.934353
2021-06-10 17:00:00 4.810997 4.810997 5.069308
2021-06-09 17:00:00 3.881701 3.881701 5.072349
2021-06-08 17:00:00 4.229607 4.229607 4.895349
2021-06-07 17:00:00 1.762115 12.334802 4.838798
2021-06-06 17:00:00 7.894737 7.894737 4.929800

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 1.345291 1.345291 2.751210
2021-06-11 17:00:00 3.498542 3.498542 2.749218
2021-06-10 17:00:00 2.089552 2.089552 2.861791
2021-06-09 17:00:00 4.214559 4.214559 2.913894
2021-06-08 17:00:00 3.281250 3.281250 3.033817
2021-06-07 17:00:00 2.395210 2.395210 3.009667
2021-06-06 17:00:00 2.454992 2.454992 3.087804

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 1.648654 1.648654 2.557119
2021-06-11 17:00:00 2.552157 2.552157 2.673461
2021-06-10 17:00:00 2.990613 2.990613 2.825780
2021-06-09 17:00:00 3.010989 3.010989 2.940604
2021-06-08 17:00:00 2.252992 2.252992 3.076807
2021-06-07 17:00:00 3.898635 2.182929 3.214238
2021-06-06 17:00:00 4.237845 2.825539 3.419629

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 10.937500 10.937500 8.601890
2021-06-11 17:00:00 7.808143 7.808143 8.386201
2021-06-10 17:00:00 4.963680 4.963680 8.551015
2021-06-09 17:00:00 15.188834 15.188834 8.879286
2021-06-08 17:00:00 5.030030 5.030030 8.890645
2021-06-07 17:00:00 9.135400 22.838499 9.012403
2021-06-06 17:00:00 13.276027 13.276027 9.210482

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 0.806127 0.806127 1.064331
2021-06-11 17:00:00 1.024390 1.024390 1.193335
2021-06-10 17:00:00 0.698273 0.698273 1.307570
2021-06-09 17:00:00 1.436893 1.436893 1.417624
2021-06-08 17:00:00 0.876644 0.876644 1.517395
2021-06-07 17:00:00 0.674663 0.674663 1.617560
2021-06-06 17:00:00 2.371844 2.371844 1.748767

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 5.962367 5.962367 5.679648
2021-06-11 17:00:00 5.146089 5.146089 5.705076
2021-06-10 17:00:00 5.304445 5.304445 5.740751
2021-06-09 17:00:00 5.238173 5.238173 5.765925
2021-06-08 17:00:00 5.432855 5.432855 5.784941
2021-06-07 17:00:00 4.961832 8.746819 5.824472
2021-06-06 17:00:00 8.280638 8.280638 5.925472

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 3.087333 2.531207 2.702868
2021-06-11 17:00:00 2.511612 2.511612 2.682726
2021-06-10 17:00:00 2.843137 2.843137 2.712999
2021-06-09 17:00:00 2.219116 2.219116 2.725791
2021-06-08 17:00:00 1.839738 3.199101 2.749523
2021-06-07 17:00:00 6.065201 2.795737 2.746570
2021-06-06 17:00:00 3.271741 3.271741 2.815978

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 4.861111 4.861111 4.057801
2021-06-11 17:00:00 2.787456 2.787456 4.189402
2021-06-10 17:00:00 5.235602 5.235602 4.050118
2021-06-09 17:00:00 3.448276 3.448276 4.134130
2021-06-08 17:00:00 4.812030 4.812030 4.070315
2021-06-07 17:00:00 4.054054 1.047120 3.936609
2021-06-06 17:00:00 4.733728 4.733728 3.959067

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 1.600000 1.600000 3.292734
2021-06-11 17:00:00 2.797203 2.797203 3.410860
2021-06-10 17:00:00 6.666667 3.750000 3.467665
2021-06-09 17:00:00 3.278689 3.278689 3.668232
2021-06-08 17:00:00 5.442177 5.442177 3.852654
2021-06-07 17:00:00 9.677419 2.459016 4.280101
2021-06-06 17:00:00 4.098361 4.098361 4.815522

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-12 17:00:00 4.977712 4.977712 5.430797
2021-06-11 17:00:00 5.992218 5.992218 5.465480
2021-06-10 17:00:00 5.060380 5.060380 5.443727
2021-06-09 17:00:00 5.445117 5.445117 5.402089
2021-06-08 17:00:00 8.074534 8.074534 5.396334
2021-06-07 17:00:00 3.049759 3.049759 5.368242
2021-06-06 17:00:00 4.153686 4.153686 5.435436

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.172285 2.801932 3.161241
Basilicata 3.768116 8.985507 9.547581
Calabria 3.857281 3.857281 4.299933
Campania 3.063565 3.063565 3.209482
Emilia-Romagna 6.885246 6.885246 7.729073
Friuli Venezia Giulia 2.616279 2.616279 2.405361
Lazio 4.539164 4.539164 3.768700
Liguria 1.528384 1.528384 1.588166
Lombardia 1.933869 1.933869 2.333039
Marche 3.177570 3.177570 3.875807
Molise 1.149425 1.149425 0.985877
P.A. Bolzano 2.780049 6.055209 5.052005
P.A. Trento 1.345291 1.345291 2.751210
Piemonte 1.648654 1.648654 2.557119
Puglia 10.937500 10.937500 8.601890
Sardegna 0.806127 0.806127 1.064331
Sicilia 5.962367 5.962367 5.679648
Toscana 3.087333 2.531207 2.702868
Umbria 4.861111 4.861111 4.057801
Valle d'Aosta 1.600000 1.600000 3.292734
Veneto 4.977712 4.977712 5.430797

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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